1、保證責任不同，履約保函是由擔保人為施工方(申請人)向業(yè)主(受益人)提供的，保證施工方履行工程建設合同責任和義務，承包商不履行合同的，業(yè)主可要求保證人在保函金額內(nèi)承擔保證責任。預付款保函是預付款保證擔保，指由保證人為施工方向業(yè)主提供的，保證人對施工方履行扣還預付款義務的保證。

2、擔保時間不同，履約保函擔保往往要貫穿整個項目，時間比較長。預付款保函擔保的時間往往不長，一般30-90天。