醫(yī)院擁有教育部?jī)嚎茖W(xué)國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科和教學(xué)團(tuán)隊(duì)，是首都醫(yī)科大學(xué)兒科醫(yī)學(xué)院和兒科學(xué)系所在地，現(xiàn)有教授、副教授116人，承擔(dān)著本科及博士、碩士研究生、七年制兒科專業(yè)，護(hù)理大專及繼續(xù)醫(yī)學(xué)教育等多層次教學(xué)任務(wù)，并設(shè)有博士后流動(dòng)站，每年為社會(huì)輸送大量?jī)嚎迫瞬拧?/p>

腫瘤內(nèi)科科室包括兒童實(shí)體腫瘤、兒童淋巴瘤兩個(gè)專業(yè)，住院部設(shè)置在北京兒童醫(yī)院順義院區(qū)，擁有兩個(gè)病區(qū)，分別收治兒童實(shí)體瘤、淋巴瘤病人。腫瘤內(nèi)科在北京兒童醫(yī)院西城院區(qū)、順義院區(qū)，均設(shè)置有專業(yè)門診，均由專業(yè)醫(yī)生團(tuán)隊(duì)出診，患者可根據(jù)需求選擇不同院區(qū)就診。

目前科室開展異基因造血干細(xì)胞移植和自體造血干細(xì)胞移植，異基因造血干細(xì)胞移植包括HLA配型全相合移植和半相合(單倍體)移植，干細(xì)胞來(lái)源包括骨髓、外周血、臍帶血。目前造血干細(xì)胞移植千余例，其中2/3為單倍體造血干細(xì)胞移植。病種包括白血病、淋巴瘤、神經(jīng)母細(xì)胞瘤、再生障礙性貧血、噬血細(xì)胞綜合征、慢性EB病毒感染等兒童血液腫瘤疾病，也包括石骨癥、腦白質(zhì)營(yíng)養(yǎng)不良、免疫缺陷病等先天遺傳代謝性疾病。依托于國(guó)家兒童醫(yī)學(xué)中心多學(xué)科技術(shù)支持，對(duì)難治/復(fù)查白血病及腫瘤疾病、先天遺傳代謝病、免疫相關(guān)疾病、小年齡組患兒以及復(fù)雜重癥病例的移植經(jīng)驗(yàn)豐富，現(xiàn)為國(guó)內(nèi)的石骨癥的移植中心，同時(shí)在噬血細(xì)胞綜合征及慢性活動(dòng)性EB病毒感染及相關(guān)疾病的也處于國(guó)際水平。結(jié)合兒科病人的特點(diǎn)，相對(duì)于其他移植中心，更注重了對(duì)移植前后病人的生存質(zhì)量、營(yíng)養(yǎng)管理、生長(zhǎng)發(fā)育的監(jiān)測(cè)及干預(yù)。設(shè)有由專業(yè)醫(yī)護(hù)、心理及醫(yī)務(wù)社工團(tuán)隊(duì)組成的舒緩小組，對(duì)患兒進(jìn)行疼痛癥狀管理，患兒及家長(zhǎng)的心理疏導(dǎo)，進(jìn)一步提高患兒的生存質(zhì)量。

目前眼科設(shè)有斜弱視、神經(jīng)眼科、角膜病、眼整形、淚道病、青光眼、白內(nèi)障、眼底病、眼腫瘤等專業(yè)。北京兒童醫(yī)院及托管醫(yī)院眼科共有病床49張，年均手術(shù)量5700余例，其中內(nèi)眼手術(shù)約1300例，每年接診來(lái)自全國(guó)各地的眼病患兒約27.8萬(wàn)人次。在小兒斜弱視、近視、淚道疾病、眼整形、兒童角膜移植、眼腫瘤、眼底病篩查及、視神經(jīng)疾病、遺傳性眼病、青光眼白內(nèi)障診治、微創(chuàng)玻璃體切割手術(shù)及角膜塑形鏡、兒童RGP鏡片及特種眼鏡驗(yàn)配等方面積累了豐富的經(jīng)驗(yàn)。