北京兒童醫(yī)院積極發(fā)揮學(xué)科作用，領(lǐng)航兒科行業(yè)發(fā)展。2013年?duì)款^組建北京兒童醫(yī)院集團(tuán)，創(chuàng)新“病人不動、醫(yī)生移動”的模式服務(wù)全國患兒，目前理事單位成員已達(dá)57家。醫(yī)院與美國、俄羅斯、加拿大、意大利、澳大利亞、瑞典、德國、法國、日本、新加坡等國家的兒童醫(yī)療機(jī)構(gòu)和科研院所建立了良好的關(guān)系和廣泛的合作，是科技部認(rèn)定的兒童重大疾病國際科技合作基地。

腫瘤內(nèi)科科室包括兒童實(shí)體腫瘤、兒童淋巴瘤兩個專業(yè)，住院部設(shè)置在北京兒童醫(yī)院順義院區(qū)，擁有兩個病區(qū)，分別收治兒童實(shí)體瘤、淋巴瘤病人。腫瘤內(nèi)科在北京兒童醫(yī)院西城院區(qū)、順義院區(qū)，均設(shè)置有專業(yè)門診，均由專業(yè)醫(yī)生團(tuán)隊(duì)出診，患者可根據(jù)需求選擇不同院區(qū)就診。

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北京兒童醫(yī)院眼科為擁有專業(yè)門診、病房、醫(yī)技檢查、驗(yàn)光配鏡中心、弱視訓(xùn)練、視感知覺工作室為一體的綜合性兒童眼病診療中心，同時為北京市殘聯(lián)指定殘疾評估、康復(fù)中心，并托管北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院、北京市順義區(qū)婦幼保健院、北京兒童醫(yī)院鄭州醫(yī)院、北京兒童醫(yī)院新疆醫(yī)院、北京兒童醫(yī)院黑龍江醫(yī)院。