北大醫(yī)院前身為北京醫(yī)科專門學校附設診察所，后陸續(xù)更名為北京醫(yī)科大學校附屬醫(yī)院、北平大學醫(yī)學院附屬醫(yī)院等。1946年，醫(yī)院隨北平大學醫(yī)學院并入北京大學，由此得名“北大醫(yī)院”。1952年，全國高等學校院系調整，北京大學醫(yī)學院獨立建院，設立北京醫(yī)學院，后又更名為北京醫(yī)科大學，醫(yī)院隨之先后更名為北京醫(yī)學院附屬醫(yī)院、北京醫(yī)學院第 一醫(yī)院、北京醫(yī)科大學第 一醫(yī)院。2000年，北京大學與北京醫(yī)科大學再次合并，醫(yī)院隨之更名為“北京大學第 一醫(yī)院”。2008年，醫(yī)院成為中央保健基地醫(yī)院。

百余年來，北大醫(yī)院擁有著一批國內的首創(chuàng)專業(yè)學科以及在我國率先開展的診療技術，如國內首創(chuàng)兒科教研室（1929年）、泌尿外科（1946年）、腎臟病專業(yè)(1950年)、綜合醫(yī)院心血管病房（50年代）、小兒外科（1950年）、兒科神經專業(yè)（1961年）；建立全國早的麻醉科實驗室（1961年）、個臨床藥理研究所（1980年）；在國內率先開展改進靜脈麻醉（1951年）、宮頸癌根治術（1951年）、先心手術（50年代）、分娩鎮(zhèn)痛（1955年）、腎移植手術（1960年）、人工晶體植入術（1983）、冠心病介入性（1986年）、胸腔鏡手術（1992年）、泌尿外科腹腔鏡手術（1992年）、微創(chuàng)切口肺移植（2005年）、經皮心室重建術（2013年）等；研制我國臺體外沖擊波碎石機（1984年）、臺自體血液回收機（1990年）等，為我國的醫(yī)學事業(yè)作出了的貢獻。

他是“中國好人”，是“中國好醫(yī)生”，“橘井泉香，種德收福”這是一位患者對北大醫(yī)院院長助理、腎臟內科副主任周福德主任醫(yī)師的由衷贊譽。他多年來堅持“做醫(yī)生是一種信仰”的職業(yè)信條，在救死扶傷的道路上無私奉獻著。他的“德行”和“福氣”持續(xù)地影響著周圍人，傳遞著醫(yī)者正能量，點亮生命新希望。

北京大學第 一醫(yī)院依托國家高水平醫(yī)院臨床研究和成果轉化能力試點項目，搭建生物樣本庫、研究型病房、交叉研究平臺、大數(shù)據AI平臺等，形成基礎研究、轉化研究、臨床研究為一體的創(chuàng)新平臺。在2022年度中國醫(yī)院醫(yī)院科技量值（STEM）排行榜中位列第14位，其中1個學科排名全國第 一，6個學科排名前十、9個學科排名前二十。近五年來，獲批國家、省部市、校級和橫向課題，以及臨床試驗合計2300余項，經費約16億元，其中縱向課題超9億元。累計發(fā)表論文6000余篇，SCI（即《科學引文索引》）收錄論文3000余篇，其中部分發(fā)表在包括《Nature》、《New Engl J Med》、《JAMA》、《BMJ》等國際期刊上。獲國家、教育部、北京市、中華醫(yī)學會等科技成果獎70項，其中國家及部委級獎項12項。