醫(yī)院設(shè)有眼底科、青光眼科、眼外傷科、白內(nèi)障中心、視光中心、眼角膜科、眼腫瘤科、眼肌科、眼中醫(yī)科、眼整形科、臨床檢查中心、中心防盲辦公室、同仁眼庫(kù)、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、頭頸外科、中心防聾辦公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、變態(tài)反應(yīng)科、心內(nèi)科、心外科、神經(jīng)內(nèi)科、消化內(nèi)科、呼吸內(nèi)科、腎內(nèi)科、內(nèi)分泌科、血液科、風(fēng)濕免疫科、感染科等科室。

其中眼科、耳鼻咽喉科為原衛(wèi)生部批準(zhǔn)的國(guó)家臨床重點(diǎn)?？?，變態(tài)反應(yīng)科為國(guó)家衛(wèi)生和計(jì)劃生育委員會(huì)批準(zhǔn)的國(guó)家臨床重點(diǎn)?？?，中醫(yī)眼科學(xué)為國(guó)家中醫(yī)藥管理局批準(zhǔn)的中醫(yī)重點(diǎn)學(xué)科。

在臨床相關(guān)研究方面，眼底專科開展了增生性玻璃體視網(wǎng)膜病變發(fā)病機(jī)制的研究，視網(wǎng)膜下人工假體植入技術(shù)及組織相容性研究，高度近視眼致病基因定位及蛋白質(zhì)組學(xué)分析，黃斑營(yíng)養(yǎng)不良的致病基因定位研究，年齡相關(guān)性黃斑變性發(fā)病危險(xiǎn)因素和早期干預(yù)研究，以及眼病的流行病學(xué)研究等。持續(xù)不斷的獲得了多項(xiàng)及省部級(jí)課題經(jīng)費(fèi)的支持。發(fā)表了系列高質(zhì)量研究論文，形成了同仁品牌效應(yīng)和國(guó)際影響力。北京同仁醫(yī)院眼底專科堅(jiān)持以臨床服務(wù)為根本，以科研創(chuàng)新為導(dǎo)向，醫(yī)療、教學(xué)、科研、預(yù)防發(fā)展的目標(biāo)，推動(dòng)了創(chuàng)新型的科學(xué)研究工作的持續(xù)開展和學(xué)科臨床服務(wù)水平的不斷提高。

北京同仁醫(yī)院眼外傷?？剖且恢v史悠久、人才梯隊(duì)完整、集醫(yī)教研防一體、臨床特色鮮明的學(xué)科。眼外傷團(tuán)隊(duì)是一個(gè)充滿朝氣、認(rèn)真負(fù)責(zé)、團(tuán)結(jié)向上、精誠(chéng)合作、注重傳承與發(fā)展的隊(duì)伍!全科同仁以挑戰(zhàn)疑難眼病、救治瀕危眼球?yàn)榧喝?，業(yè)務(wù)上精益求精，科研上勇于探索，繼續(xù)努力不懈地為國(guó)內(nèi)外患者提供高質(zhì)量的服務(wù)，以不斷創(chuàng)新的進(jìn)取精神為各類眼外傷患者送去光明和希望。

北京同仁醫(yī)院眼科屈光手術(shù)中心在原衛(wèi)生部的批準(zhǔn)和支持下，于1993年率先在國(guó)內(nèi)開展了近視眼、遠(yuǎn)視眼、散光及弱視的成因及角膜屈光矯治手術(shù)。時(shí)至今日，已成為國(guó)內(nèi)每年完成屈光矯正類手術(shù)門診和手術(shù)總量多的屈光專科，是國(guó)內(nèi)，具有國(guó)際影響力的屈光手術(shù)診療中心之一。

中心擁有一支實(shí)力雄厚的專業(yè)技術(shù)團(tuán)隊(duì)，現(xiàn)有醫(yī)生8人，醫(yī)技9人，驗(yàn)光師2人，護(hù)士1人。具有博士學(xué)歷人員5人、碩士學(xué)歷人員7人、本科學(xué)歷人員8人。其中教授和主任醫(yī)師3人，副教授和副主任醫(yī)師4人，主治醫(yī)師1人，副主任技師1人，主管技師9人。博士生導(dǎo)師1人，已培養(yǎng)博士研究生、碩士研究生100余人，進(jìn)修醫(yī)生百余名。

為了大限度滿足患者門診、手術(shù)的需求，中心實(shí)行全年無(wú)限號(hào)門診，2017年門診量達(dá)6萬(wàn)多人次，年手術(shù)量近1.5萬(wàn)例。技術(shù)團(tuán)隊(duì)多年來(lái)積累了大量的臨床手術(shù)及并發(fā)癥處理方面的經(jīng)驗(yàn)。