1886年，清光緒十二年，美國(guó)基督教“衛(wèi)理公會(huì)”的蘭大夫、衛(wèi)大夫在崇文門(mén)的孝順胡同開(kāi)辦名為“同仁醫(yī)院”的眼科診所。
1899年，“衛(wèi)理公會(huì)”的霍甫金斯·賀慶先生捐資教會(huì)在北京東交民巷東口(現(xiàn)北京同仁醫(yī)院地址)使館區(qū)內(nèi)選定并購(gòu)?fù)自褐?，開(kāi)始籌備興建工程。
1913年，醫(yī)院在西山選定基地建造樓房，命名為“天然療養(yǎng)院”，專門(mén)結(jié)核病。
1914年，醫(yī)院南樓建成。同年，西病房樓落成。醫(yī)院的病房設(shè)在西樓，分為三層，有眼科、內(nèi)科和外科病房，眼科約占1/2。
1917年，醫(yī)院北樓落成，賀慶院長(zhǎng)得到了中華博醫(yī)學(xué)會(huì)的資助，聘請(qǐng)美國(guó)醫(yī)生潘提司先生來(lái)院工作，設(shè)立牙科。1918年與協(xié)和醫(yī)院合辦牙科專門(mén)醫(yī)學(xué)校。
1918年，由于賀慶家族的捐資，新址落成后，英文名稱改為“賀約翰氏捐建美以美會(huì)醫(yī)院”。1927年賀慶大夫退職以后，醫(yī)院英文名稱再次更改為“賀氏紀(jì)念醫(yī)院”。
1942年，日偽北京特別市公署衛(wèi)生局接收同仁醫(yī)院全部資產(chǎn)，日偽北京市衛(wèi)生局將同仁醫(yī)院改為“市立第二醫(yī)院”，賀慶院長(zhǎng)被迫離職。
1945年5月，醫(yī)院又由日本“開(kāi)發(fā)醫(yī)療組合”接管，改名為“開(kāi)發(fā)醫(yī)院”。
1945年11月14日，衛(wèi)理公會(huì)會(huì)督江長(zhǎng)川、美國(guó)代表白輔德致函北平衛(wèi)生局，要求將醫(yī)院收回管理。次年1月，衛(wèi)理公會(huì)收回了醫(yī)院，恢復(fù)使用同仁醫(yī)院的名稱。
1949年4月，在中共北京市委及市總工會(huì)的領(lǐng)導(dǎo)下，醫(yī)院建立了工會(huì)。同年11月，建立了新民主主義青年團(tuán)。
1952年7月，醫(yī)院與北京市婦嬰醫(yī)院合并，更名為“北京市同仁醫(yī)院”，增設(shè)了婦產(chǎn)科、小兒科。
1953年8月，北京市人民政府正式接管醫(yī)院，更名為“北京市立同仁醫(yī)院”。
1955年，醫(yī)院更名為“北京市同仁醫(yī)院”。
1958年10月，北京市政府決定將同仁醫(yī)院的神經(jīng)外科全部遷到以神經(jīng)外科為中心的宣武醫(yī)院。
1959年，眼科研究所成立，設(shè)有微生物、病理、生理研究室，羅宗賢教授任所長(zhǎng)。
1966年，文化大革命開(kāi)始后醫(yī)院更名為“北京市工農(nóng)兵醫(yī)院”。
1979年，醫(yī)院復(fù)名“北京市同仁醫(yī)院”。
1994年，更名為“首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京同仁醫(yī)院”。
北京同仁醫(yī)院眼底?？片F(xiàn)有在職主任醫(yī)師11人，副主任醫(yī)師14人，是國(guó)內(nèi)規(guī)模大、綜合實(shí)力強(qiáng)的眼底病團(tuán)隊(duì)。團(tuán)隊(duì)骨干擁有各自明確的臨床專長(zhǎng)和相關(guān)研究方向，在視網(wǎng)膜脫離、糖尿病視網(wǎng)膜病變、高度近視、黃斑部疾病、眼底腫瘤等多種常見(jiàn)及疑難復(fù)雜眼底病的臨床領(lǐng)域處于國(guó)際前沿。
近年來(lái)眼外傷?？圃趪?guó)內(nèi)率先開(kāi)展各種眼外傷、眼底病的診治新技術(shù)，包括顯微眼內(nèi)窺鏡下的視網(wǎng)膜脫離復(fù)位、眼內(nèi)異物取出以及眼內(nèi)窺鏡睫狀突光凝難治性青光眼等，為眼外傷患者提供了新的途徑;包括23G、25G微創(chuàng)玻璃體視網(wǎng)膜手術(shù)，在“微創(chuàng)意識(shí)”引領(lǐng)下積極開(kāi)展微創(chuàng)玻璃體視網(wǎng)膜手術(shù)，以小侵襲或損傷達(dá)到佳手術(shù)療效。另外開(kāi)展虹膜瞳孔損傷修復(fù)、帶虹膜人工晶狀體植入、鞏膜層間人工晶狀體固定、人工角膜鏡下玻璃體手術(shù)聯(lián)合角膜移植、各類兒童玻璃體視網(wǎng)膜病變的微創(chuàng)玻璃體手術(shù)、兒童復(fù)雜眼外傷的微創(chuàng)玻璃體手術(shù)、抗VEGF外傷性新生血管疾病等。
北京同仁醫(yī)院眼科屈光手術(shù)中心在原衛(wèi)生部的批準(zhǔn)和支持下，于1993年率先在國(guó)內(nèi)開(kāi)展了近視眼、遠(yuǎn)視眼、散光及弱視的成因及角膜屈光矯治手術(shù)。時(shí)至今日，已成為國(guó)內(nèi)每年完成屈光矯正類手術(shù)門(mén)診和手術(shù)總量多的屈光?？?，是國(guó)內(nèi)，具有國(guó)際影響力的屈光手術(shù)診療中心之一。
中心擁有一支實(shí)力雄厚的專業(yè)技術(shù)團(tuán)隊(duì)，現(xiàn)有醫(yī)生8人，醫(yī)技9人，驗(yàn)光師2人，護(hù)士1人。具有博士學(xué)歷人員5人、碩士學(xué)歷人員7人、本科學(xué)歷人員8人。其中教授和主任醫(yī)師3人，副教授和副主任醫(yī)師4人，主治醫(yī)師1人，副主任技師1人，主管技師9人。博士生導(dǎo)師1人，已培養(yǎng)博士研究生、碩士研究生100余人，進(jìn)修醫(yī)生百余名。
為了大限度滿足患者門(mén)診、手術(shù)的需求，中心實(shí)行全年無(wú)限號(hào)門(mén)診，2017年門(mén)診量達(dá)6萬(wàn)多人次，年手術(shù)量近1.5萬(wàn)例。技術(shù)團(tuán)隊(duì)多年來(lái)積累了大量的臨床手術(shù)及并發(fā)癥處理方面的經(jīng)驗(yàn)。