財務(wù)軟件需要到財政局備案方可使用，有的代理記賬單位沒有采用財政部批準(zhǔn)的財務(wù)軟件來替代手工記賬。

會計資料交接麻煩、不夠規(guī)范。代理記賬單位在接受委托單位的會計原始憑證及資料時，沒有辦理交接手續(xù)，發(fā)現(xiàn)遺失或毀損時無法查找。

代理記賬單位通常是定期或定時上門服務(wù)，日常業(yè)務(wù)可通過電話溝通，會計不是隨時在單位辦理和咨詢業(yè)務(wù)

個別 “代理記賬公司”沒有代理記賬資質(zhì)（市財政局批準(zhǔn)的代理記賬許可證、會計上崗證等），發(fā)生問題可以回避責(zé)任，損害委托單位的利益。這也是小企業(yè)在選擇代賬服務(wù)公司時必須要注意的事項。

有些代理記賬公司沒有與委托單位簽訂正式的委托代理合同，對雙方的權(quán)利、義務(wù)缺少明確的規(guī)定，在實際工作中遇到異議時，往往無法分清責(zé)任。因此在選擇代賬公司的時候，企業(yè)就要更加謹慎。

代理記賬機構(gòu)，是指依法經(jīng)批準(zhǔn)設(shè)立從事代理記賬業(yè)務(wù)的中介機構(gòu)。

代理記賬機構(gòu)主要包括代理記賬公司、會計師事務(wù)所、稅務(wù)師事務(wù)所以及具有代理記賬資格的其他社會咨詢服務(wù)機構(gòu)等幾大類。代理記賬機構(gòu)從事代理記賬業(yè)務(wù)必須符合財政部發(fā)布的《代理記賬管理暫行辦法》中的關(guān)于從事代理記賬業(yè)務(wù)應(yīng)具備條件的規(guī)定。