無菌室一般是在微生物實驗室內(nèi)專辟一個小房間。可以用板材和玻璃建造。面積不宜過大，約 4 — 5 平方米即可，高 2.5 米左右。無菌室外要設一個緩沖間，緩沖間的門和無菌室的門不要朝向同一方向，以免氣流帶進雜菌。無菌室和緩沖間都必須密閉。室內(nèi)裝備的換氣設備必須有空氣過濾裝置。

無菌室內(nèi)的地面、墻壁必須平整，不易藏污納垢，便于清洗。工作臺的臺面應該處于水平狀態(tài)。無菌室和緩沖間都裝有紫外線燈，無菌室的紫外線燈距離工作臺面 1 米。工作人員進入無菌室應穿滅過菌的服裝，戴帽子。

微生物檢驗用器材及場所必須進行或處理，不同的對象采用不同的處理方法

1． 高壓蒸汽: 工作服、口罩、稀釋液等，置高壓鍋內(nèi)，一般采用121℃半小時,當然不同的培養(yǎng)基有不同的要求,應分別處理

2． 火焰：接種針、接種環(huán)等可直接火焰

3． 高溫干燥： 各種玻璃器皿、注射器、吸管等，置于燥箱中160℃2小時

4． 一 般: 無菌室內(nèi)的凳、工作臺、試管架、天平、待檢物容器或包裝均無法進行，必須用其他方法進行處理，采用2%石炭酸或來蘇兒水溶液擦拭，工作人員的手也用此法進行

5． 空氣的： 開啟紫外燈照射30—60分鐘 即可。

無菌室外源性污染源，主要是通過門和無菌室內(nèi)外通道侵入的室外空氣。因此無菌室的布置通常都采用按照工藝操作的關鍵程度，潔凈度的高低由里往外逐級減弱，抵御室外污染空氣的侵入。同時為物料和人員進出無菌室設置相應的控制措施，例如物料的氣閘、人員的無菌更衣系統(tǒng)以及室內(nèi)廢棄物傳遞出來的通道等。無菌室內(nèi)的污染源，主要來自于無菌室內(nèi)必要的操作人員和部分工藝設備，通常無菌室內(nèi)操作人員的四周區(qū)域是潔凈度差的區(qū)域，也是無菌技術中重要的控制內(nèi)容。