醫(yī)藥潔凈工程史上的初個(gè)潔凈室建于1966年在美國(guó)，當(dāng)時(shí)已有實(shí)驗(yàn)證明，一定量的空氣微粒進(jìn)入到人體血液中會(huì)引發(fā)一系列的并發(fā)癥，所以該潔凈室主要用于醫(yī)院的外科手術(shù)室工程。手術(shù)環(huán)境解決后，人們又把目光轉(zhuǎn)移到制藥工程上，因?yàn)楹械囊坏┻M(jìn)入人體，也會(huì)引起人體的病變反應(yīng)，所以制藥潔凈室工程的建立也被劃入了醫(yī)學(xué)研究范圍。

醫(yī)藥潔凈室工程中的潔凈室還常用在護(hù)理病房中，護(hù)理病房在以前只是采用定期和禁止外人進(jìn)出的措施來(lái)減少病菌，這種方法有一定效果，但并不完善。所以后來(lái)人們想營(yíng)造出類似手術(shù)室工程中的無(wú)菌空間來(lái)作為護(hù)理室，的確這樣操作后，被隔離的病人出現(xiàn)感染的概率大大降低了。依據(jù)病人生病的嚴(yán)重程度，潔凈室工程中護(hù)理室也分為好幾個(gè)等級(jí)，不同級(jí)別的空氣潔凈度等級(jí)不一樣，醫(yī)生在安排時(shí)可依據(jù)病人的實(shí)際狀況來(lái)進(jìn)行分配。

醫(yī)藥潔凈工程的工藝布置應(yīng)防止人與物流之間的混合交叉污染。首先，要將人員和其它物品進(jìn)出生產(chǎn)區(qū)域的通道分開設(shè)置，比較容易被污染的材料（如一些原材料和輔助材料，生產(chǎn)中產(chǎn)生的廢渣等）可以設(shè)置專門特殊入口。為加快生產(chǎn)效率，潔凈車間之間的貨物路線的布置要盡可能短。醫(yī)藥潔凈工程布局的生產(chǎn)作業(yè)區(qū)間內(nèi)只應(yīng)安置必要的工藝設(shè)備， 用作生產(chǎn)和儲(chǔ)存的區(qū)域不得用作該區(qū)域以外工作人員的出入道路。運(yùn)輸人或者物品的電梯應(yīng)分開，且不可設(shè)置在潔凈車間內(nèi)。

醫(yī)藥潔凈工程在符合生產(chǎn)工藝基本條件的前提下，為了達(dá)到加大凈化效果、節(jié)約能源的目的，具有空氣凈化要求的房間應(yīng)做特殊的布置。.空氣清潔度高的潔凈車間應(yīng)放置在人員較少的地方，并布置在空調(diào)機(jī)房的旁邊。由內(nèi)到外的空間布局應(yīng)與該空間對(duì)環(huán)境空氣潔凈度要求由高到低相對(duì)應(yīng)，對(duì)潔凈度要求相同的潔凈車間應(yīng)相對(duì)集中，防止等級(jí)不同的車間之間互相污染。