無菌室外要設一個緩沖間，錯開門向，以免氣流帶進雜菌。無菌室和緩沖間都必須密閉、室內(nèi)裝備的換氣設備必須有空氣過濾裝置。在獲得了無菌環(huán)境和無菌材料后，只有保持無菌狀態(tài)，才能對某種特定的已知微生物進行研究。

無菌潔凈車間的內(nèi)部裝修要求房間圍護結(jié)構(gòu)的空氣密封性好，房內(nèi)無衛(wèi)生死角，裝修材料表面光潔但不反光、耐壓力而不起塵、易于清潔、不易發(fā)生霉變和長菌、能夠適應各種劑和氣體熏蒸的腐蝕和紫外線照射。

無塵無菌車間內(nèi)空氣的流動有兩種情況：一種是層流的(即室內(nèi)一切懸浮粒子都保持在層流層中運動);另一種是非層流的(即室內(nèi)空氣的流動是紊流的)。裝有一般空調(diào)系統(tǒng)的潔凈室，室內(nèi)空氣的流動屬于非層流(紊流)，既可使空氣中夾帶的混懸粒子迅速混合，也可使室內(nèi)靜止的微粒重新飛揚，部分空氣還可出現(xiàn)停滯狀態(tài)。

在獲得了無菌環(huán)境和無菌材料后，還要保持無菌狀態(tài)，才能對某種特定的已知微生物進行研究或利用它們的功能，否則外界的各種微生物很容易混入。外界不相干的微生物混入的現(xiàn)象，在微生物學中叫做污染雜菌。防止污染是微生物學工作中十分關鍵的技術。